Je travaille dans un magasin d'alimentation générale qui vend de la viande halal et d’autres produits comme du riz ou du poisson mais malheureusement le magasin vend aussi des cigarettes (je ne suis pas la prioritaire et je ne peux pas connaître le chiffre d’affaires) est-ce qu’il y’a une manière de séparer l’argent halal du haram dans le salaire total (si oui comment) ?

Louange à Allah et que la paix et la bénédiction soient sur Son Prophète et Messager, Mohammed, ainsi que sur sa famille et ses Compagnons :

Il ne nous est pas possible de préciser la méthode permettant de connaître la proportion d'argent illicite (haram) et d'argent licite (halal) dans le salaire d'une personne. Vous pouvez vous faire aider par des comptables expérimentés dans ce domaine.
Cependant, l'avis juridique (fatwa) adopté chez nous est que le travail dans des magasins dont l'activité principale est licite, mais qui proposent parmi leurs activités ce qui est illicite, est permis (jâ'iz) à condition que l'employé(e) ne s'occupe pas directement de l'illicite et que son travail n'implique pas une aide à sa vente ou promotion.
Vous avez mentionné que vous n'êtes pas responsable des ventes. Par conséquent, il vous est permis de travailler dans ce magasin, si vous ne vous occupez pas directement de la vente de cigarettes. Il n'y a pas de mal à ce que vous preniez votre salaire sur l'ensemble des fonds du magasin, car il est permis d'avoir des transactions commerciales avec une personne dont l'argent est un mélange de licite et d'illicite.
Mais si vous vous occupez directement de la vente de cigarettes, cela ne vous est pas permis. Vous devez alors vous débarrasser de la part illicite proportionnellement aux ventes illicites. Si vous ne parvenez pas à connaître le montant exact dont vous devez vous débarrasser, alors efforcez-vous de sortir une proportion dont vous avez la forte conviction qu'elle équivaut à la part illicite. Le reste de l'argent est licite pour vous.
Ibn al-Lahham al-Hanbali a dit dans Al-Qawâ'id wa al-Fawâ'id al-Usûliyya wa mâ yatba'uhâ min al-Ahkâm al-Far'iyya (p. 20) : Si quelqu'un possède de l'argent licite et illicite et ignore la quantité de l'illicite, il doit donner en aumône ce qu'il estime être la part illicite... Fin de citation.
Il est mentionné dans les Fatawas de la Commission Permanente (Vol. 14, p. 457) : Le salaire provenant du travail dans un cinéma et de la vente de cigarettes est illicite (haram) ; car ces activités sont illicites, et l'argent perçu en contrepartie est donc illicite. Fin de citation.

Et Allah sait mieux.